Bakkeøen er resterne af morænelandskabet fra næstsidste istid. Mod slutningen af sidste istid lå Hovedstilstandslinjen umiddelbart øst for den nuværende plantage. Fra gletsjerportene strømmede smeltevandet mod vest i de lavest liggende dele af landskabet. Smeltevandet skyllede næringsstofferne ud af jorden, efterlod sand, grus og sten i stedet og lod højere områder som Isenbjerg Bakkeø stikke op af den flade slette.

For foden af bakkeøen står bord, bænke og en sten til minde om De Allieredes våbennedkastninger under Besættelsens sidste år.